10x Genomics Visium将基因空间表达可视化，在识别不同细胞群的同时保留空间背景，提供了关于组织微环境中细胞功能、表型和位置关系的关键信息，为基因表达和组织复杂性研究提供了一个新视角。
将冰冻组织切片放置在10X Genomics Visium芯片的的捕获区域内，进行HE染色和成像后，对组织切片进行透化处理，细胞内的mRNA释放，从而被芯片上带有oligo-dT的探针捕获，并且每个探针都带有特异的地址序列，然后以mRNA为模版进行cDNA合成，构建文库后进行测序，从而能够获得基因表达的位置信息。
Visium空间基因表达玻片信息
Visium芯片有4个捕获区域，每个区域大小为6.5mm *6.5mm，每个spot直径为55um，包含数百万个用于捕获的oligo探针序列，相邻两个spot点的中心距离为100um。探针序列的结构为：测序引物结合序列，16 nt spatial barcoded，12 nt UMI及30 nt oligo-dT序列。
样本起始量与送样建议
|
组织类型 |
样本收集 |
|
OCT包埋冰冻组织/白片/切片 |
制备 OCT包埋冰冻组织块，建议组织大小为长×宽不超过 6.5mm×6.5mm，高度≥5mm；
白片或贴片建议准备6-13 片（10μm 厚度）。
封装好用干冰进行寄送。 |
|
FFPE包埋组织/白片/切片 |
石蜡包埋组织封装好后，4℃进行寄送。
石蜡包埋白片或贴片建议准备6-13 片（5μm 厚度），4℃进行寄送。 |
注意事项：详细样本准备指南，请联系在线客服。
生物信息学分析内容
